Le sergent Keroro est une grenouille extraterrestre, chef d’un peloton de guerriers envoyés pour conquérir la Terre. Mais lorsque ces envahisseurs amphibiens ont découvert que les humains aimaient disséquer leurs camarades, ils sont repartis aussitôt et Keroro a été abandonné. Ce soldat autrefois si fier a dû s'adapter à la vie au Japon, mais il n'a pas renoncé à rassembler ses troupes.