La Cité Académique est un lieu où le meilleur de la science et de la technologie sont rassemblés tout en favorisant le développement des capacités surnaturelles. Derrière cette atmosphère en apparence paisible et séduisante, se cache ce que l'on appelle le « côté obscur ». Les filles connues sous le nom de code « Item » font partie de ce groupe d'élite, composé de spécialistes dans divers domaines et dirigé par Mugino Shizuri, une esper de niveau 5. Lorsqu'un nouveau membre les rejoint, le groupe se retrouve impliqué dans une histoire de conspiration qui se trame dans les souterrains de la ville…