地球を侵略するため宇宙からやってきたケロン星人「ケロロ軍曹」は、日向家に潜入していたところを中学生の男の子「日向冬樹」とその姉「日向夏美」に捕獲されてしまう。ケロン軍の本隊から見放され、地球に取り残されてしまったケロロ軍曹は、オカルト好きな冬樹と「お友だち」になり、日向家に正式配属という名の居候をさせてもらうことに。地球で充実した日々（？）を過ごしながらも侵略は諦めていないケロロ軍曹。彼の仲間と冬樹たち地球人を巻き込んだ、愉快で非日常な物語が始まる！