ゲーム好きの高校生「武藤遊戯」が、ゲームショップを経営する祖父から古代エジプトより伝わる誰も解いたことがないという「千年パズル」をもらう。この千年パズルを苦労の末解いたことから、「闇の力」が目覚める。千年パズルが輝きだす時、闇に眠るもう一人の遊戯が現れる！そして今、遊戯の中のもう一人の遊戯とともに、新たなデュエルが始まる！