Der junge Schüler Yugi Muto erhält ein altes ägyptisches Puzzle, das bislang niemand zusammensetzen konnte. Doch beim Versuch, dieses zu lösen, verändert sich sein ganzes Leben: Denn als er dieses sogenannte „Millenniumspuzzle“ zusammensetzt, weckt er den Geist eines alten Pharaos, dessen Gedächtnis gelöscht wurde und mit dem er nun einen Körper teilt. Mit Hilfe des Kartenspiels „Duel Monsters“ versuchen Yugi und Pharao Yami, dessen verlorenes Gedächtnis wiederherzustellen. Das „Millenniumspuzzle“ ist jedoch nur einer von insgesamt sieben „Millenniumsgegenständen“, welche ihrem Besitzer unendliche Macht versprechen.